Evolution der unbelebten Materie
Aus physikalistischer Sicht wird heute fälschlicherweise oft der Begriff der Evolution synonym mit dem Begriff der Entwicklung (Development) verwendet. Man geht im physikalistischen Weltbild davon aus, dass durch reine Kombination von Teilchen nach dem Baukaustenprinzip folgende hierarchische Reihe entsteht: Fundamentalteilchen, Elementarteilchen, Atome, Moleküle. Auf Grund der sehr restriktiven Kombinatorik der Elementarteilchen unter einander entsteht dabei nur eine eng begrenzte Zahl an Atomen und ihren Isotopen (siehe Periodensystem), die als kleinste Bausteine der späteren biologischen Evolution betrachtet werden können. Weitaus größer ist die Kombinationsmenge der Atome untereinander, die sich zu Molekülen und Makromolekülen zusammen finden. Eine Klasse dieser Verbindungen (organische Makromoleküle) bilden auf der Erde Stoffwechselgemeinschaften (siehe chemische Evolution und Hyperzyklus), bei denen die Kombinationsmenge explosionsartig ansteigt und eine exorbitant hohe Zahl an möglichen Verbindungen umfasst. Allein die Kombinationsmöglichkeiten aller Moleküle eines beliebigen Bakteriums übersteigen die Zahl der Atome im Universum um viele Potenzen. Dennoch sind nur einige wenige Kombinationen darunter, die als Bakterium gelten, leben und funktionieren können. Ein Bakterium kann sich demnach unmöglich auf die selbe Weise spontan zusammen setzen wie Atome oder Moleküle. Es muss von einem anderen Bakterium abstammen, von dem es durch Kopiertätigkeit erzeugt wurde und von dem es sich geringfügig unterscheidet: variiert.
Die Evolutionsbiologie verweist darauf, dass dem physikalischen und dem biologischen Evolutionsbegriff zwei unterschiedliche Gesetzmäßigkeiten zugrunde liegen. Zur Entstehung von solch komplexen Strukturen wie einem funktionierenden Bakterium reicht es es nicht aus, dass sich Teilchen spontan zusammen setzen. Sie erfordert vielmehr Zeit sowie das Vorhandensein von Replikatoren. Die Variation der Replikatoren tritt zwangsläufig aufgrund nicht perfekter Kopiergenauigkeit ein und auch die Selektion kommt zwangsläufig vor, wenn die unterschiedlichen Eigenschaften der variierenden Kopien Einfluss auf die Häufigkeit haben, mit der sie überdauern und somit vorkommen können. Physikalische Teilchen, welche diese drei Eigenschaften aufweisen, sind bislang in der unbelebten Materie nicht nachgewiesen. So entstehen Atome stets aus Einschritt-Kombination ihrer Bestandteile, nicht aber durch Fortpflanzung in jenem Sinne, dass bereits vorhandene Atome die Entstehung gleichartiger, leicht variierender Kopien von sich begünstigen oder erzeugen würden. Auch Elementarteilchen weisen diese Eigenschaft nicht auf, weshalb Evolutionsbiologen alle Phänomene unterhalb der Stufe von Molekülen nur als Entwicklung (Development) bezeichnen.
Die Verwendung des Evolutionsbegriffs durch die Physik hat sich als nachteilig für die Evolutionsbiologie erwiesen (siehe Ernst Mayr), da dies suggeriert, es handele sich bei physikalischen und biologischen Vorgängen um Phänomene gleicher Gesetzmäßigkeit.